Naruto Shippuden atau Naruto II adalah plot dari seri mangga Naruto, menitikberatkan pada petualangan Uzumaki Naruto dan Haruno Sakura dan misi pencarian Uchiha Sasuke setelah ia meninggalkan Konohagakure. Pada plot ke-2 ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi movie-nya dengan judul Naruto Shippuden The Movie yang akan dirilis pada bulan Desember, dan diceritakan bahwa Naruto bangkit dari kematian. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Movie ini menceritakan Naruto, Sakura, Sasuke, dan Yamato diberi misi ke Negara Api, dan bertemu dengan Sora. Ternyata Sora ini juga memiliki rubah berekor yang disebut Psuedo-Jinchuuriki.
Menyelamatkan Gaara
Setelah Naruto kembali ke desa Konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi yang memberinya ujian ulang untuk masuk dari tim 7. Ujiannya sendiri berbeda dari ujian ketika pertama kali tim 7 dibentuk. Kali ini Kakashi serius dan menggunakan Sharingan. Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat, cepat ditambah lagi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan "trik biasa" pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus ujian itu untuk ketiga kalinya.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi level s untuk menolong Gaara, sang Kazekage, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya ke untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu tim 9 pimpinan Guru Gai mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.
Sasori yang merupakan cucu dari Chiyo dengan senang hati melawan neneknya. Chiyo dan Sakura lalu melancarkan serangan gabungan ke Sasori, dan menghancurkan hiruko luar tubuhnya yang ternyata boneka bernama Hiruko. Tubuh asli Sasori, yang masih berupa anak-anak biarpun sudah lebih dari 20 tahun meninggalkan Suna sudah diubah seluruhnya menjadi boneka. Hanya bagian jantungnya saja yang masih manusia. Pertarungan sengit tidak bisa dihindari ketika Sasori memanggil boneka Kazekage ketiga. Dengan kemampuannya, Sasori hampir saja mengalahkan Chiyo dan Sakura. Namun berkat kesigapan Sakura, mereka lolos dari maut. Chiyo lalu mengeluarkan jurus pamungkasnya, Teknik Rahasia Putih: Koleksi boneka Chikamatsu. Sasori juga mengeluarkan 100 boneka andalannya untuk melawan mereka. Setelah pertarungan dahsyat, akhirnya Sasori bisa dikalahkan dengan menusukkan pedang ke jantungnya.Dia terbunuh oleh boneka yang ternyata adalah replika kedua orangtuanya sendiri.
Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul setelah Kakashi menggunakan Mangekyou Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dikencingi sebentar oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya unutk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara.
Di Konoha, Kakashi terkapar tak berdaya karena menggunakan mangekyou sharingan secara beruntun. Dia lalu digantikan oleh Yamato, seorang anbu yang pernah menjadi junior Kakashi di masa lalu. Dia menjadi pengganti Kakashi untuk sementara. Untuk melengkapi tim 4 orang, maka ditunjuklah satu orang lagi dari "roots" bernama Sai. Pada awalnya, Naruto dan Sakura tidak menyukainya karena kebiasaan Sai yang sering berbicara kasar. Biarpun begitu, Sai hanya menjalankan prinsipnya sebagai "roots". Karena ketidakkompakan tim, Yamato murka dan mengurung mereka dalam penjara kayu agar akrab satu sama lain. Disini terlihat sisi lain Yamato yang sadis dan mencerminkan seorang anbu : mengerikan, dingin dan intimidatif. Biarpun begitu Yamato tidaklah bermaksud buruk. Yamato juga diberi perintah untuk mengawasi Sai oleh Tsunade.
Merekapun lalu pergi ke Tenchikyo untuk menemui mata-mata Sasori, yang tidak lain adalah Kabuto, ninja pelarian Konohagakure. Ternyata Kabuto hanya berpura-pura menjadi mata-mata untuk menjebak Sasori. Pertarungan antara tim Yamato melawan Kabuto dan Orochimaru pun tak terelakkan. Naruto yang tak terkendali lalu melepaskan chakra Kyuubi dalam jumlah besar sehingga ia berubah ke bentuk Kyuubi ekor empat. Dia mulai menghancurkan wilayah sekitarnya dengan serangan-serangan dahsyat tanpa membedakan kawan ataupun lawan. Untungnya, Orochimaru tetap lolos dan melarikan diri sementara Yamato dengan chakra kayu (yang sama dengan chakra Hokage pertama) menyegel dan mengembalikan tubuh Naruto ke bentuk semula. Naruto merasa bersalah karena melukai Sakura dalam wujud Kyuubi ekor empat.
Akhirnya Naruto berhasil sampai ke persembunyian Orochimaru. Ternyata Sai memiliki misi untuk membunuh Sasuke. Tetapi dia urung karena melihat kesungguhan Naruto dalam mencari Sasuke. Ternyata Sasuke malah bersikap dingin dan mau saja dimanfaatkan Orochimaru asalkan bisa membalas dendam kepada Itachi Uchiha, kakaknya yang telah membantai klan Uchiha seorang diri. Sasuke lalu mengalahkan mereka semua dan tim Yamato pulang ke konoha dengan penuh kekecewaan.
Naruto yang merasa kecewa lalu meminta untuk dilatih oleh Kakashi. Kakashi lalu mengajarkan cara memanipulasi chakra miliknya. Dia menggunakan metode yang sangat ekstrim, tapi cocok dengan keadaan Naruto yang sekarang. Pertama-tama dia harus bisa memotong daun dengan chakra, lalu air terjun, dan terakhir dia harus menyempurnakan rasengan dengan memasukkan chakra angin ke dalam rasengan tersebut. Sementara itu, Tsunade menginstruksikan pencarian anggota Akatsuki yang memasuki Konoha. Asuma, Shikamaru, Izumo dan Kotetsu (2 Jonin yang membantu Asuma dan Shikamaru) bertemu dengan Hidan dan Kakuzu. Mereka lalu bentrok dengan masing-masing. Ternyata Hidan memiliki tubuh aneh yang bisa dibilang tidak bisa mati. Walaupun kepalanya sudah terpotong, tetap masih hidup. Asuma pun terluka parah terkena jutsu Hidan, yaitu semua luka yang diderita hidan, sebagian akan mengenai orang yang darahnya telah digunakkanya untuk segel jutsu. Asuma pun nyaris mati terkena jutsu ini. Beruntung Choji dan Ino datang membantu, tetapi semuanya sudah terlambat, dan Asuma meminta dinyalakan rokok terakhir untuknya oleh Shikamaru. Shikamaru dengan penuh haru menyalakkan rokok dimulut Asuma untuk terakhir kalinya sambil menangis ditengah hujan.
Shikamaru lalu merencanakan penyerangan kedua melawan Hidan dan Kakuzu yang telah membunuh Asuma. Diluar dugaan, Kakashi ikut membantu tim Shikamaru mencari dan menghancurkan dua anggota Akatsuki tersebut. Mereka lalu bertemu di dekat hutan milik keluarga Nara. Shikamaru memancing Hidan bertarung satu lawan satu dengannya, sementara Kakashi, Choji dan Ino melawan Kakuzu. Shikamaru berhasil menjebak Hidan dan menghancurkan tubuhnya, lalu menguburnya kedalam lubang besar yang sudah disiapkan. Hidan lalu berteriak-teriak mengutuk Shikamaru, tetapi tidak digubris oleh yang bersangkutan. Shikamaru malah mengatakan bahwa dia hanya percaya pada Tekad Api Konoha.
Kakashi yang melawan Kakuzu, berhasil membunuh 2 dari 5 "jantung" milik Kakuzu. Ketika keadaan hampir gawat, Naruto, Yamato, Sakura dan Sai datang membantu. Sai dan Sakura diperintahkan untuk membantu Shikamaru, sedangkan Yamato dan Naruto membantu Kakashi dkk. Naruto yang ingin membuktikan bahwa dia telah berubah dan menjadi lebih dewasa dan baik meminta kepada yang lainnya untuk tidak ikut campur ketika dia akan bertarung dengan Kakuzu. Kakashi mengatakan, jika dia tidak berhasil mengalahkan Kakuzu, maka dia masih tetap ninja berisik seperti dulu. Naruto lalu mengeluarkan jutsu andalannya yang baru dipelajari, Fuuton : Rasengan shuriken. Setelah serangan pertamakali gagal, Naruto dengan cerdik menggunakan kagebunshin no jutsu untuk mengalihkan perhatian musuhnya. Kakuzu akhirnya berhasil dikalahkan setelah ledakan dramatis akibat jutsu Rasengan shuriken yang mengenai targetnya. Mereka semua lalu pulang ke Konoha, menunggu misi selanjutnya sambil menjalani kehidupan seperti biasa.
Setelah Naruto mengalahkan Kakuzu, sempat diperlihatkan ada ninja-ninja berjatuhan dan ditengah tengah para ninja diperlihatkan Sasuke sedang duduk dan berbicara bersama Orochimaru. Orochimaru berkata Sasuke masih memiliki belas kasihan karena tidak membunuh para ninja-ninja tersebut. Namun Sasuke dengan tenang menanggapi kata-kata orochimaru dengan berkata bahwa ninja-ninja tersebut bukan yang ingin dia bunuh. dan setelah itu disorot kembali ke Naruto dan Sakura sedang berbincang-bincang di Ichiraku Ramen. Naruto mengalami sedikit cedera tangan akibat terlalu banyak memakai Rasenshuriken. lalu mereka berdua jadi mengenang masa lalu.
Kembali kepada Sasuke dan Orochimaru, saat Kabuto sedang berbicara pada Orochimaru bahwa tubuh itu tidak bisa menahannya begitu lama, setelah Kabuto meninggalkan Orochimaru sejenak mendadak Sasuke datang menjebol pintu Orochimaru dan menyerang Orochimaru secara tiba-tiba. Sasuke menjelaskan bahwa sudah tidak ada yang bisa didapati lagi dari Orochimaru sebab Orochimaru lebih lemah daripada dia yang sekarang dan akhirnya dengan pedang kusanagi dan pedang listrik milik sasuke tersebut menghunus Orochimaru dan tubuh Orochimaru pun tewas. namun ternyata Orochimaru menunjukkan wujudnya yang sesungguhnya yaitu wujud ular putih.
Sasuke pun menghadapi Orochimaru dengan sungguh-sungguh dan menggunakan joutai ke-2-nya. tiba-tiba Orochimaru terkenang masa lalu dan mengingat saat kematian kedua orang tuanya dan Orochimaru mengambil tubuh Sasuke dalam tubuh Orochimaru ada dimensi lain yang digunakan untuk mengambil tubuh orang lain. hal ini pernah terjadi pada Itachi namun Orochimaru gagal mendapatkannya karena sharingan Itachi yang terlalu kuat. Setelah itu, ular tersebut memuntahkan tubuh Sasuke. Masih dipertanyakan apakah itu Sasuke atau Orochimaru. Namun ternyata itu adalah Sasuke yang berhasil lolos dari Orochimaru dengan menggunakan sharingannya.akhirnya orochimaru kalah .
Sasuke berjalan ke laborotarium Orochimaru dan membebaskan satu eksperimen yang bernama Suigetsu. Lalu sasuke dan Suigetsu pergi untuk mengambil pedang Zabuza. Mereka pergi ke penjara milik Orochimaru yang dijaga oleh Karin, setelah Sasuke menyuruh Suigetsu untuk membebaskan para tawanan, lalu Karin pergi bersama Sasuke dan suigetsu. sasuke sedang mencari satu orang lagi untuk diajak bergabung dengan teamnya, yang bertujuan untuk membunuh Itachi. satu orang lagi tersebut diperkirakan Juugo.
Juugo keras kepala dan menyerang Sasuke dengan joutai ke-2-nya. Dia mengubah tangannya menjadi besar dan menyerang Sasuke namun ditahan oleh sayap milik Sasuke, Suigetsu datang dan bertarung melawan Juugo. Juugo mengubah tangannya mnjadi kapak dan menghadapi pedang Zanbato milik Suigetsu (yang dulunya milik Zabuza). Tiba-tiba Sasuke mengeluarkan dua ular dan berkata "bagaimana kalau aku membunuh kalian berdua". Mereka berdua berhenti bertarung. Juugo menjadi ketakutan dan berkata "kunci pintunya !! Aku tidak ingin membunuh lagiii!!". saat Sasuke mau menenangkan hati Juugo.. Karin menjelaskan bahwa hanya Kimimaro yang dapat menenangkan hati Juugo. Hanya Kimimaro yang berhasil melawan juugo tanpa terluka. Akhirnya ketika juugo mengetahui bahwa orang yang mengajaknya bergabung itu Uchiha Sasuke.
Sasuke menjelaskan bahwa nama timnya "Hebi" yg artinya ular. Tujuan utamanya adalah "Uchiha Itachi". Masing-masing punya tujuan tersendiri. Sasuke bertujuan membunuh Itachi. Suigetsu bertujuan mendapatkan Samehada yg merupakan pedang milik Kisame. Karin bertujuan untuk bersama dengan Sasuke dan membantu Sasuke. Juugo bertujuan untuk melihat seberapa kuat Shinobi seperti Sasuke dan disisi lain Naruto yang mengetahui Sasuke telah mengalahkan Orochimaru juga berniat mengejar Itachi untuk bisa mengetahui tentang Sasuke. Saat itu disorot potongan Itachi sedang berdiri disuatu tebing bersama Kisame sambil memandangi hujan dan berkata "nampaknya akan ada badai".
Sementara itu, di markas Akatsuki anggota yang tersisa memutuskan untuk mencari Naruto langsung dan membereskan mereka. Karena ketua Akatsuki melihat kalau ninja dari Konoha merupakan ancaman serius bagi mereka, belum lagi pleton Sasuke yang mengincar Itachi. Mereka lalu bergerak berempat sekaligus untuk mencegah hal yang terjadi pada Hidan dan Kakuzu tidak terulang. Naruto yang sudah ingin segera menghabisi Itachi lalu diberi misi bersama tim barunya yang berjumlah 8 orang. Mereka diberi misi menangkap dan menginterogasi Itachi Uchiha. Tim tersebut berisikan Hatake Kakashi, Yamato, Haruno Sakura, Uzumaki Naruto, Sai, Inuzuka Kiba,
Akhirnya mereka saling bunuh. Sasuke bertemu dengan Tobi dan Deidara. Sedangkan Naruto tanpa diduga bertemu Kabuto yang juga tak disangka-sangka memberinya informasi. Dia lalu menunjukkan setengah wajahnya yang katanya sudah diintegrasikan dengan jiwa Orochimaru. Sasuke yang telah bertemu dengan Deidara pun melakukan pertarungan tingkat tinggi.
Jiraiya yang menyusup ke desa Amegakure untuk mencari informasi Pain, akhirnya diketahui oleh Pein lewat telepatinya. Sebelum Jiraiya bertemu dengan Pein, Jiraiya bertemu dengan anak muridnya dulu yaitu Konan. Konan menampakkan dirinya sebagai manusia kertas. Pein akhirnya bertemu dengan Jiraiya. Ternyata Pein dulunya adalah anak murid dari Jiraiya bersama Konan, Yahiko, dan Nagato. Setelah mengetahui bahwa Pain adalah salah satu muridnya, tiba-tiba Pain langsung menyerang Jiraiya. Pertarungan tingkat tinggi ini, sarat dengan jurus-jurus yang hebat. Di tengah pertarungan, Jiraiya melihat bahwa kedua mata Pain sangat tidak lazim. Baru diketahui oleh Jiraiya, kedua mata itu merupakan mata yang sama denganRikudou Sennin yang bernama Rinnegan.Dalam keadaan terdesak Jiraiya, memanggil 2 guru sanninnya fukasaku dan shima dan dia berubah menjadi sennin mode, pertarungan terjadi dan Jiraiya berhasil mendesak pain lewat genjutsu nyanyian katak yang dikeluarkan gurunya dan dia berhasil membunuh 3 tubuh pain namun ternyata muncul 3 tubuh pain yg lain dan tangan kiri jiraiya terpotong bahkan mereka menghidupkan lagi pain yang dikalahkan jiraiya dan salah satu dari mereka mirip dengan yahiko mantan muridnya , dalam keadaan terdesak jiraiya masih mampu mengalahkan seorang pain dan meminta shima pergi ke tsunade memberikan informasi ini, akhirnya jiraiya muncul kembali dan dia akhirnya menyadari siapa wujud asli pain tapi jiraiya tertusuk 5 tombak dan tenggorokannya hancur dalam keadaan sekarat dia teringat masa lalunya bersama tsunade,orochimaru, Sarutobi dan hokage ke 4 dan dia ingat bahwa naruto adalah nama yang diminta yondaime dari karakter novel pertamanya "legenda ninja yang berani" dan dia memutuskan bahwa narutolah murid yang akan membuat perdamaian dunia bukan pain dan dia memilih naruto dengan memberikan kode rahasia pada fukasaku sebelum dia mati.
Naruto dan rekan-rekan kemudian melanjutkan pencarian, dengan mengandalkan kagebunshin Naruto. Tanpa disangka-sangka salah satu kagebunshin itu menemukan Sasuke meskipun langsung dihancurkan Sasuke dengan Chidori. Naruto yang menerima berita itu lewat pengalaman yang didapatkan kagebunshin kemudian meminta Hinata melacak Sasuke dan tim segera melakukan pengejaran.
Namun di tengah perjalanan, mereka dihadang oleh Tobi. Naruto yang merasa diganggu langsung menyerang dengan Rasengan, namun Tobi tidak terlihat mengalami cedera sedikitpun, bahkan seperti hanya bermain-main.
Sementara Sasuke yang menemukan Itachi langsung memulai pertarungan dengan saling serang lewat genjutsu melawan Itachi. Di tengah pertarungan Itachi bercerita tentang pengguna Mangekyou Sharingan ke-3, yaitu Madara Uchiha, yang ternyata guru dari Itachi. Itachi juga mengatakan bahwa pada malam pembantaian klan Uchiha, dia juga dibantu oleh Madara Uchiha. Itachi menceritakan bahwa Madara Uchiha telah mempunyai kekuatan Mangekyou yang sempurna setelah mengambil bola mata adiknya sendiri. Itachi pun memberitahukan kepada Sasuke bahwa ia ingin mengambil bola mata Sasuke untuk menyempurnakan Mangekyou Sharingannya.
Mereka pun bertarung disaksikan Zetsu. Itachi langsung mendesak Sasuke dengan jurus Tsukoyomi dengan ilusi mata Sasuke diambil Itachi. Namun di luar dugaan, Sasuke berhasil mematahkan Tsukoyomi. Itachi juga terluka karena efek Tsukoyomi yang membuat mata kirinya mengeluarkan darah dan penglihatannya mulai kabur.
Sasuke pun memanfaatkannya dengan mengeluarkan perangkap shuriken dan kaki Itachi terluka. Sasuke dan Itachi pun mengeluarkan jurus Gokakyuu no jutsu. Itachi yang terdesak mengeluarkan jurus kedua, Amaterasu, api hitam yang langusng membakar hutan di sekitarnya dan berhasil membakar sayap joutai 2 Sasuke, tapi Sasuke berhasil meloloskan diri dengan jurus Kawarimi no jutsu milik Orochimaru yang menghabiskan chakranya.
Dia menjebak Itachi dengan jurus naga langit yang memanaskan udara. Hujan turun dan petir menyambar-nyambar. Sasuke memanfaatkan kekuatan alam dengan jurus Kirin tapi Itachi berhasil selamat dengan jurus Susano'o.
Orochimaru keluar dari segel gaib Sasuke dengan wujud Yamada no Orochi dengan pedang Kusanagi. Tapi dia dikalahkan dengan pedang Totsuka yang tersembunyi dalam jurus Susano'o dan mengirim Orochimaru dan seluruh joutai Sasuke ke dalam genjutsu mimpi. Sasuke mencoba menyerang Itachi namun gagal karena Itachi masih terlindungi dengan Susano'O.
Itachi mendekati Sasuke. Sasuke mengira Itachi mau mengambil mata Sasuke, namun Itachi menyentuh dahi Sasuke seperti yang sering dilakukannya saat kecil dulu. Itachi roboh dan tewas. Kelelahan, Sasuke pun roboh di sebelahnya.
Di lain tempat, Tobi sedang bertarung dengan kelompok tujuh dan delapan. Shino mengambil alih penyerangan terhadap Tobi. Tobi dikerumuni dengan ribuan serangga, namun setelah beberapa saat ia menghilang tanpa jejak. Lalu Hinata menemukannya di atas ranting pohon dengan Byakugan.
Saat mereka masih berpikir tentang sosok Tobi yang dapat menggunakan space travel time jutsu, muncul Zetsu yang memberitahukan pada Tobi bahwa pertandingan antara Sasuke dan Itachi telah selesai dan pemenangnya adalah Sasuke. Naruto dan kawan-kawan terkejut mendengar hal tersebut. Kakashi melihat ke arah Tobi, dan ia melihat Sharingan di lubang topeng Tobi. Tobi dan Zetsu seketika pergi dan menghilang. Naruto dan kawan-kawan segera menuju ke tempat pertarungan Sasuke dan Itachi dengan kecepatan penuh. Di tengah perjalanan mereka menghadapi rintangan api hitam Amaterasu, Yamato membelah Amaterasu untuk dilalui. Namun setelah sampai, mereka telah terlambat karena Sasuke dan Itachi telah dibawa oleh Zetsu dan Tobi.
Di sebuah gua yang gelap Sasuke terbangun dari pingsannya dan tampak kebingungan. saat itu tiba-tiba terdengar suara dari kegelapan gua. Suara tersebut berasal dari Tobi, Tobi pun mulai memperkenalkan diri dengan membuka topeng yang menjadi misteri selama ini. Walau belum terbuka sepenuhnya sudah terlihat sharingan milik tobi yang membuat Sasuke sangat terkejut melihatnya. Dalam keadaan terkejut, tanpa sengaja Sasuke mengeluarkan Amaterasu, Amaterasu itu pun langsung mengenai tangan kanan Tobi kemudian membakar seluruh tubuh Tobi tanpa sisa, anehnya beberapa saat kemudian dari dalam kegelapan gua, Tobi kembali muncul tanpa luka sedikitpun. Sasuke yang merasa aneh dengan apa yang telah dilakukannya terhadap Tobi, bertanya kepada Tobi dan Tobi pun menjelaskan kepada sasuke mengapa ia dapat mengeluarkan Amaterasu. Tobi menjelaskan bahwa Sasuke mendapatkan jurus tersebut karena sesaat sebelum kematiannya, Itachi memberikan seluruh jurusnya kepada Sasuke.Akhirnya tobi pun menceritakan kisah masa lalunya tentang berdirinya desa konohagakure ,kisah kekalahannya dengan hokage pertama dan alasan mengapa itachi membunuh semua anggota klan uciha. Sebenarnya, konohagakure adalah desa hasil pergabungan dan gencatan senjata antara klan uciha dan klan senju. Setelah terbentuknya konohagakure, Madara Uchiha ingin melakukan pemberontakan terhadap klan senju yang saat itu menguasai pemerintahan. Ia mengajak sesama klan untuk melakukan pemberontakan, tapi mereka lebih cinta perdamaian dan menolak ajakan Madara. Madara pun pergi dan melawan hokage1 sendirian, tapi, ia kalah. Itachi membunuh klan Uciha karena diberi misi oleh konoha. Itachi dihadapkan oleh pilihan-pilihan mengerikan, pada saat itulah itachi akhirnya memilih membantai seluruh klan uciha. Tapi, ia tidak bisa membunuh adiknya sendiri.sasuke pun mengenang masa lalunya bersama itachi.di konoha naruto pun mengetahui bahwa jiraiya sudah tewas.fukasaku guru dari jiraiya meminta agar naruto mempelajari teknik sage melebihi dirinya dan mengalahkan pain.akhirnya naruto berangkat ke myobokuzan bersama fukasaku.di tempat lain sasuke memburu hachibi.hachibi sangat kuat sehingga mengalahkan karin dan suigetsu tetapi bisa dikalahkan oleh amaterasu sasuke.raikage memberi ijin penangkapan sasuke ke konoha.pada saat ekstrasi hachibi.hachibi pun berhasil kabur.
Sementara keadaan desa Konoha sedang sangat kacau karena diserang pemimpin 'Akatsuki' yaitu Pain dan Konan. Pain yang telah memiliki satu tubuh baru lagi, menjadi sangat kuat dan tidak terkalahkan. Pein yang bertemu dengan Iruka langsung hendak membunuhnya tetapi diselamatkan oleh Kakashi. Pertarungan Pain dan Kakashi pun dimulai. Kakashi yang mengeluarkan Raikiri ditangkis dengan mudah oleh Pein. Tsunade yang hendak memanggil Naruto kembali oleh sepuh katak, ditahan oleh Danzo. Naruto yang sedang menjalani 'tes percobaan dengan chakra senjutsu' untuk yang terakhir ternyata juga mendapat hambatan. Konoha semakin gawat. Konan juga mulai beraksi dengan jutsu merubah tubuh menjadi kertas. Tsunade yang sangat khawatir dengan keadaan desa Konoha, segera memanggil Kuchiyose miliknya. Kakashi vs Pain semakin mendekati akhir. Tapi pada waktu itu datanglah salah satu tubuh pain untuk membantu pain salah satu tubuh tersebut bebrubah menjadi senjata dan menyerang Kakashi. tapi karena kehebatan Kakashi kakashi mengubah cakranya menjadi bayangan klon petir. tubuh kakashi pun lemah karena melepaskan semua chakranya. akhinya datanglah dua anggota klan Akimichi salah satu yang datang adalah ayah Chouji. Kedatangan klan Akimichi, sangat membantu banyak bagi Kakashi. Walaupun dalam keadaan terdesak, Kakashi masih bisa mempunyai Ide. Awalnya, ide itu berjalan mulus untuk menyerang Pain lewat dalam tanah oleh serangan Kakashi. Ternyata itu hanya sebuah trik Kakashi, untuk menyerang Pein oleh Chouji dan ayahnya. Serangan itu bisa ditahan oleh salah satu tubuh Pein yaitu Asura. Dalam Keadaan terkejut, Kakashi semakin tak berdaya. Dan dia diserang Pein dengan salah satu paku yang berasal dari bangunan yang runtuh. Di lain tempat, Naruto yang sedang istirahat mengkhawatirkan keadaan desanya jika diserang oleh Akatsuki. Fukasaku mencoba menghiburnya dengan memuji ninja-ninja Konoha. Setelah istirahat selesai, Fukasaku mengajak Naruto untuk latihan yang baru yaitu Fusion. Sesaat sebelum paku tersebut mengenai kakashi dia menggunakan mangekyou sharingan untuk menghilangkan pakunya dan kakashi menggunakan tenaga terakhirnya untuk menolong chouji yang akan melapor pada tsunade. Disaat yang sama Danzo menunjukkan niat yang asli yaitu menjadi hokage yang baru.
Sementara itu, Tsunade menugaskan Katsuyu untuk mengevakuasi seluruh korban ninja Konoha. Klan Yamanaka juga ikut andil. Mereka tengah mencari informasi tentang Pain di desa Amegakure. Tubuh Pain yang satunya yaitu Deva, ternyata masih hidup dan menyerang Chouji dan digagalkan Kakashi lewat mangekyo sharingan. Dengan Chakra yang terbatas, Kakashi untuk terakhir kalinya mengenang masa lalunya dan memikirkan teman
Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pain. Kekuatan sage naruto diperlihatkan, ternyata dua tubuh pain mati ditangan naruto. setelah mengalami pertempuran yang dasyat akhirnya hanya 1 pain yang tersisa dan diketahui kenyataan yang mengerikan pain terakhir itu bukan yang asli tubuh asli pain ada di dalam pohon yang terbuat dari kertas bersama dengan konan .Kesal karena naruto akan kalah hinata turun dan melindungi naruto akan tetapi hinata langsung sekarat oleh pain, sebelumnya oleh pain hinata mengungkapkan perasaanya kepada naruto. Naruto yang mengetahui hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra kyuubi hingga ekor 6.Pain yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "chibaku tensei" untuk mengurung kyuubi .Di saat yang sama naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya , pada saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan,tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto. Yondaime memberitahu bahwa naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi aka Madara, dan kekuatan Pain. Lalu naruto bangkit dan mengeluarkan chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pain god Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu God Realm melawan Rasengan Shuriken dengan Shinra Tensei. Ditempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasengan Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pain hanya memberi waktu 5 detik. Serangan kagebunshin tidak bisa menyelamatkan naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pain. Pain terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh pain agar nagato tidak bisa mengendalikan pain god realm.Dia bertemu ayah Ino dan Shikamaru. Mereka menahan naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah shikamaru melepaskan naruto karena teringat perkataan shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon yang terbuat dari kertas buatan konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato. Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan Hanzou, Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko. Setelah itu mereka mencari shinobi yang dapat bertahan hidup di medan perang tersebut. Mereka bertemu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Jiraiya akhirnya mengajarkan mereka Ninjutsu. Setelah tiga tahun bersama akhirnya Jiraiya kembali ke Konoha dan ketiga orang itu (Yahiko, Konan, Nagato) mencari rekan yang senasib dengan mereka. Organisasi mereka cukup terkenal dengan pemimpinnya yaitu Yahiko. Hanzou yang merasa kekuasaannya akan terganggu dengan organisasi Yahiko dkk. akhirnya bergabung dengan Danzou. Konan diculik oleh mereka dan mengajukan syarat agar Konan selamat, yaitu membunuh Yahiko. Nagato merasa bimbang akan syarat itu karena tidak mau membunuh temannya dan tidak ingin pula temannya dibunuh Hanzou. Yahiko akhirnya berlari ke Nagato dan menusukkan kunai ke tubuhnya sendiri. Yahiko pun akhirnya gugur. Kemarahan Nagato pada Hanzou tak terbendung. Ia mengeluarkan kekuatan dari mata 'Rinnegan' nya memanggil Kuchiyose : 'Gedou Mazou'. Lalu muncul lah sebuah patung besar (Yang kini menjadi alat penyimpanan Bijuu oleh Akatsuki) yang melahap pasukan Amegakure milik Hanzou dan ANBU Konoha. Dan Hanzou pun berhasil kabur dari serangan Nagato,dan itulah jawaban yang nagato berikan pada naruto. kini nagato pun menginginkan jawaban dari naruto. naruto berkata bahwa petapa mesum telah mempercyainya dan naruto percaya apa yang dipercayai oleh petapa mesum dan itulah jawaban yang naruto berikan pada nagato. nagato pun akhirnya mempercyai naruto uzumaki dan ia pun menggunakan jurusnya yaitu GEDO RINNE TENSEI NO JUTSU untuk menghidupkan kembali semua warga desa konoha yang telah ia bunuh termasuk para anbu dan guru hatake kakashi. semua telah berakhir, sebagai perpisahan konan pun memberikan bunga harapan kepada naruto uzumaki.
warga desa pun bergembira menyambut naruto uzumaki sang pahlawan yang telah menyelamatkan desa dari serangan ketua Akatsuki yang sangat kuat Pein sang dewa. naruto kembali ke desa dan menjalani kehidupan seperti biasanya, danzo sang pemimpin pasukan anbu yang telah mengetahui bahwa ketua akatsuki telah dikalahkan naruto pun merasa bangga.Danzo mengetahui bahwa Tsunade sedang sekarat, dia pun mengambil ahli pimpinan untuk desa konoha. sang Raikage yang merupakan kakak killer bee bijuu ekor delapan memerintahkan anak buahnya untuk pergi ke konoha untuk mengundang hokage di acara pertemuan lima kage yang akan diadakan di negara besi,sementara itu di sunagakure gaara dan yang lain berangkat menuju tempat pertemuan,di lain tempat tsuchikage dan mizukage bersiap untuk berangkat menuju tempat pertemuan. sang Raikage geram melihat kelakuan sasuke uchiha yang telah menyerang desanya dan membunuh adiknya yaitu killer bee si ekor delapan. Raikage memerintahkan anak buahnya untuk membunuh sasuke uchiha. naruto yang mengetahui kabar tersebut pun tak tinggal diam diapun bergegas pergi menuju ke negara besi bersama kakashi dan yamato, akan tetapi langkah tersebut terhenti setelah ia bertemu raikage dan ia pun tidak diizinkan untuk menuju ke tempat pertemuan tersebut. sasuke yg sedang dalam perjalanan menuju konoha berubah arah menuju pertemuan kelima kage untuk membunuh danzo sang hokage ke 6, Rapat pun dimulai dari awal pertemuan suasana pun sudah memanas mereka saling berambisi untuk mengambil ahli pimpinan aliansi lima negara besar. Rapat pun hampir usai dan telah diputuskan bahwa danzo yang memimpin aliansi lima negara besar ini. Tiba-tiba zetsu pun muncul di tengah-tengah kerumunan dan berkata bahwa uchiha sasuke berada bersamanya. Di tempat lain naruto sedang di serang oleh tobi yg tidak lain adalah madara uchiha yg ingin menangkap kyubi , tapi yamato dan kakashi tidak membiarkanya menyentuh naruto mereka berdua langsung menyerang madara uchiha. yamato mengikat madara dengan ninjutsu elemen kayu dan kakashi menyerangnya dengan chidori.Sementara Juugo dan raikage bertarung,Tobi kemudian menceritakan kepada Naruto bahwa Itachi mati demi Sasuke dan Konoha,Naruto tidak percaya.Kemudian Tobi menceritakan tentang Rikudo Sage pendiri Dunia Shinobi. Pada saat ia akan mati ia memberi harapan pada kedua anaknya. Anak pertama diberikannya Chakra sage rinnegan dan anak kedua diberikannya dan percaya bahwa kekuatan adalah kunci kedamaian. Anak keduanya diberikan Kekuatan Sage dan percaya bahwa cinta adalah kunci kedamaian. Kemudian Rikudo Sage memilih anak keduanya untuk meneruskan impiannya. Dengan dikuasai rasa iri, anak pertama menyerang anak kedua. Pertarungan ini mempengaruhi keturunan Senju(anak kedua) dan Uchiha(anak pertama).Balas dendam adalah takdir dari anggota Klan Uchiha.
Setelah Mengetahui bahwa Sasuke berada disitu raikage langsung bergegas mencari sasuke beserta dua pengawalnya shi dan darui, lalu pemimipin negara besi memerintahkan seluruh samurai untuk mencari sasuke. Karin yang mengetahui bahwa Zetsu telah berkhianat membuat mereka menyelinap lebih waspada, namun para samurai dari desa besi menemukan mereka dan pertarungan pun dimulai. Sasuke yang menggunakan sharingan masih terlalu kuat bagi para samurai itu. Dalam sekejap mereka kalah telak. Sasuke yg telah bertemu raikage langsung menyerangnya tetapi darui melindungi raikage, setelah itu shi menyerang sasuke dengan genjutsu tetapi sasuke berhasil mematahkanya tidak di sangka darui dan raikage sudah berada di depan sasuke dan siap menyerangnya tetapi berhasil di hentikan oleh jugo dan suigetsu, pedang suigetsu pun patah tidak kuat menahan serangan raikage yg begitu kuat dan jugo pun memasuki joutai 2 dan masuk mode pembunuh.Sang Raikage tetap saja menang dan membuat tubuh Jugo terluka parah.Sasuke pun akhirnya menggunakan Amaterasu.Tapi tetap saja Raikage menggunakan pelindung petir dan Ama terasu Sasuke tidak mempan.Sasuke yng sudah kelelahan pun terkapar dan Raikage langsung berniat menimpa Sasuke tapi dihalangi Garra.Garra kemudian berkata bahwa dia ingin membujuk Sasuke kembali kejalan yang benar.Sasuke tentu saj tidak mau.Garra ,pengawal Raikage,Kankuro,Temari menyerang Sasuke secara bersamaan.Tapi Sasuke kemudian membangkitkan kekuatan Mangekyou sharingan yang ketiga yakni Susanoo.Dengan susanoo sasuke menghancurkan atap dan pergi menuju ruang pertemuan, setelah sampai ruang pertemuan pemimpin negara besi langsung menyerang sasuke tapi sasuke menepisnya, saat itu danzo kabur dan dikejar oleh pengawal mizukage saat sasuke ingin mengejar danzo mizukage menahanya dengan kekai, akhirnya sasuke terlibat pertarungan melawan kelima kage. Lalu sasuke kalah dan datang lah madara uchiha dan dia menolong sasuke. kemudian uchiha madara memberi tahu tujuan sebenarnya.
